Методологической основой программы является: теоретические основы нейропсихологии детского возраста, созданные в недрах школы А.Р. Лурия, Э.Г. Симерницкая, А.В. Семенович и др. и метод «Замещающего онтогенеза». Метод замещающего онтогенеза - это универсальный метод профилактики, коррекции и компенсации познавательного, речевого, коммуникативного развития. Автор метода- Анна Владимировна Семенович, известный нейропсихолог, профессор МГППУ. Концептуальную основу метода составляют утверждения о том, что дошкольный возраст играет ключевую роль для формирования единства в работе нервной системы, психических функций и различных систем организма. Главный принцип метода это соотнесение актуального статуса ребенка с основными этапами формирования мозговой организации психических процессов и воссоздание тех участков онтогенеза, которые не были действенно освоены. Нейропсихологическая коррекция включает когнитивные и двигательные методы, которые применяются в комплексе с учетом их взаимодополняющего влияния.
Коррекция с применением нейропсихологических методов всегда должна начинаться с двигательных методов, так как закрепление телесных навыков предполагает формирование ВПФ, а также эмоционально-волевой сферы детей.