Музей организует свою работу на основе самоуправления. Музейный актив формируется из обучающихся 1-11 классов по принципу добровольности и интереса. Текущее управление программой осуществляют руководитель музея и Совет музея, которые:
- организуют, анализируют и координируют реализацию основных мероприятий программы;
- разрабатывают, утверждают и определяют сроки реализации основных мероприятий по выполнению программы;
- организуют взаимодействие всех участников образовательного процесса по реализации программных мероприятий;
- несут ответственность за своевременную и качественную подготовку и реализацию программы;
- организуют подготовку экскурсоводов.
Руководитель музея:
- организует разработку программы и внесение в неё необходимых изменений;
- разрабатывает в пределах своих полномочий нормативные документы, необходимые для выполнения программы;
- даёт рекомендации по уточнению перечня программы мероприятий на очередной год и механизм реализации программы;
- оказывает необходимую методическую помощь;
Из членов музейного актива формируются рабочие группы:
- поисковики и исследователи;
- экскурсоводы;
- оформители;
- программисты;
- творческая группа.